山東濟南非法經營疫苗系列案件發生后，黨中央、國務院高度重視，責成有關部門和地方徹查涉案疫苗的流向和使用情況，依法嚴厲打擊違法犯罪行為，完善監管制度，落實疫苗生產、流通、接種等各環節監管責任，堵塞漏洞，保障人民群眾生命健康。有關部門和地方密切配合，立即開展了案件查辦和處置工作。

隨著案件調查的不斷深入，暴露出一些深層次問題，為進一步督促查清案件，嚴懲不法分子，依法依規追究相關人員責任，并進一步建立健全監管機制、完善法律法規，完善疫苗生產、流通、接種全過程監管制度，國務院批準組織山東濟南非法經營疫苗系列案件部門聯合調查組。即日全面開展案件調查、處理工作，并提出完善疫苗監管工作意見。部門聯合調查組由食品藥品監管總局局長畢井泉任組長，衛生計生委、公安部、監察部、食品藥品監管總局負責同志任副組長，中央宣傳部、中央網信辦、最高人民檢察院派員參加。調查組下設專家委員會。

國務院同時成立工作督查組，對調查工作進行全程督查指導。督查組由國務院副秘書長丁向陽同志任組長，在國務院的領導下開展工作，調查及督查結果將及時向社會公布。