10月18日，上海軟科發布了2016年中國兩岸四地大學排名，清華大學(北京)蟬聯兩岸四地第一名，北京大學躍升至第二名，排名第三的是中國臺灣的清華大學(新竹)，中國科學技術大學位列第四，香港大學和香港中文大學并列第五名。澳門地區排名最高的澳門科技大學名列兩岸四地第32名。

這是該排名自2011年問世以來第六次發布，排名展示了我國大陸、臺灣地區、香港特別行政區和澳門特別行政區領先的100所研究型大學。

與2015年中國兩岸四地大學排名相比，北京師范大學、東南大學 、蘭州大學、湖南大學、北京郵電大學、蘇州大學 、上海財經大學、西安電子科技大學和中國地質大學(武漢)今年均有超過10個位次的排名提升。內地還有三所大學新入榜單：江南大學首次入圍，位列第78名;武漢理工大學、北京林業大學重登百強，分別位列第91名和第93名。